庆余年叶轻眉的秘密是她在太平别院的湖底隐藏的禁忌之门。根据叶轻眉给范闲的信中所提到的内容,湖底的禁忌之门是所有秘密的最终所在。太平别院是叶轻眉长期居住的地方,也是她与庆帝、陈萍萍、范建等人年轻时逍遥的地方。禁忌之门可能包含了叶轻眉带来的超越时代的思想和技术,以及关于整个世界的真相。这个秘密连庆帝也不知道,因此他派重兵把守太平别院,希望能够挖掘出这个秘密。叶轻眉还在太平别院的湖中设置了一个机关,打开机关后可以进入一个暗门,里面可能有范闲想要知道的事情的真相。叶轻眉在怀孕期间将另一个人的意识导入到自己的孩子体内,这个方法可能就在暗门之内。范闲并不是穿越或到了平行空间,而是记忆被数据化,然后植入到另一个婴儿的身体内,以这种方式重生。总之,叶轻眉在太平别院隐藏了许多秘密,其中禁忌之门是最重要的秘密之一。