六院之吏院
长官为吏院尚书，吏院掌管全国官吏的任免、考课、升降、调动等事务。司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
下设四司：清吏司、验封司、稽勋司和考功司。
清吏司：掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。
验封司：掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。
稽勋司：掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事。
考功司：掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计
六院之礼院
长官为礼院尚书。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
下设四司：仪制司、祠祭司、主客司、精膳司。
仪制司：掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事。
祠祭司：掌吉礼、凶礼事务。
主客司：掌宾礼及接待外宾事务。
精膳司：掌筵飨廪饩牲牢事务。
六院之户院
长官为户院尚书，为掌管户籍财经的机关，掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。
下设四司：土地司、户税司、仓储司、俸饷司。
土地司：掌土地清算、疆域核算、移民垦荒等事物。
户税司：掌户籍、赋税、安置流民等事物。
仓储司：掌捐纳、饭银、内仓屯种等事物。
俸饷司：掌军需、俸禄、粮饷、抚恤救济等事物。
六院之刑院
长官为刑院尚书。审定各种法律，复核各地送院的刑名案件，以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
下设四司：督捕司、刑狱司、稽查司、封驳司。
督捕司：掌捉捕、缉拿、犯官押解、刑事侦查等事物。
刑狱司：掌收押、狱卒、刑令起草审查、赎罪岁银、赃款追缴等事物。
稽查司：掌文武百官稽查、贪赃枉法、徇私舞弊、奸贪污绩等事物。
封驳司：掌会审、翻案、重大刑事案件复核、封驳、秋审等事物。
六院之兵院
长官为兵院尚书，掌管选用武官及兵籍、军械、军令等。司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
下设四司：武选司、礼兵司、军马司、护军司。
武选司：掌考武职之品级及开列、考授、升调武举科考等事物。
礼兵司：掌阅兵、护卫、扈从、宿卫等事物。
军马司：总令全国军马、兵丁、兵权调动等事物。下辖各属地有独立军马司。
护军司：掌守卫紫禁城、宿卫扈从、亲军等事物。
六院之工院
长官为工院尚书，主缮修、功作、盐池、园苑、工程，水部、航政及水利等事物。司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
下设四司：军械司、水利司、车马司、土木司。
军械司：掌军械、弓枪刀叉等一系列军械制造等事物。
水利司：掌河道疏通、船舶建造、码头漕运、等事物。
车马司：掌隘路运输、车鸾马驾、机械器物制造等事物。
土木司：掌破土动工、寺庙宗祠、皇陵偏殿、衙署仓储制造等事物。